A francia polinéziai kísérleti atomrobbantások után a szigetek élővilága is átalakul. A mutáció eredményeképp egy hatalmasra nőtt, agresszív hüllőt pillantanak meg a Panama-csatorna vizében, amint az az USA keleti partja felé tart. A lény meg sem áll Manhattanig, ahol az éhségtől és a dühtől hajtva óriási pusztításba kezd. A hadsereg csapatai sem képesek megfékezni Godzillát, így Niko Tatopolous atomtudóson (Matthew Broderick) és a különös francia férfin (Jean Reno) a sor, hogy kitaláljanak valamit, amíg még van mit megmenteni New Yorkból…