A Csillagok háborúja világsikert arató története ezúttal látványos rajzfilm formájában kel életre...Miközben a klónok háborúja végigsöpör a galaxison, a mindenre elszánt Jedi lovagok hősiesen küzdenek, hogy a békét helyreállítsák. Erőfeszítésük ellenére mégis egyre több galaktikus rendszer esik áldozatul a Sötét Oldalnak. A szeparatisták droid hadseregük segítségével kiterjesztették befolyásukat már szinte a teljes Galaktikus Köztársaságra... Anakin Skywalker és Padawan tanítványa, Ahsoka Tano titkos küldetésben vesznek részt, amelynek során szembe kell nézniük a galaxis legrettegettebb bűnözőfejedelmével, a Hutt Jabbával. Útjuk során le kell győzniük a megátalkodott Dooku grófot, valamint az aljas Asajj Ventress-t is, akik Anakin és Ahsoka küldetésének meghiúsításán ügyködnek. Eközben a klónháború frontvonalán ádáz harcok folynak: Obi-Wan Kenobi és Yoda mester vezetésével a klónok szembeszállnak a Sötét Oldallal...
